根據(jù)國務(wù)院的總體部署和要求，國家發(fā)展改革委和科技部牽頭，會同教育部、工業(yè)和信息化部、交通運輸部、環(huán)境保護部、農(nóng)業(yè)部、鐵道部、水利部、質(zhì)檢總局、知識產(chǎn)權(quán)局、中科院和工程院等單位，研究編制了《“十二五”國家自主創(chuàng)新能力建設(shè)規(guī)劃》（以下簡稱《規(guī)劃》），目前已經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)印發(fā)（國發(fā)[2013]4號）。《規(guī)劃》是我國歷史上第一部系統(tǒng)部署加強自主創(chuàng)新能力建設(shè)的規(guī)劃和指導(dǎo)性文件，對貫徹落實國家創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展戰(zhàn)略具有重要意義。 
　　《規(guī)劃》的指導(dǎo)思想著力體現(xiàn)黨中央、國務(wù)院的決策部署和要求，強調(diào)“十二五”時期要堅持以鄧小平理論、“三個代表”重要思想、科學(xué)發(fā)展觀為指導(dǎo)，著眼國家全局性和長遠(yuǎn)性發(fā)展需求，實施創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展戰(zhàn)略，以體制機制改革為保障，統(tǒng)籌創(chuàng)新能力布局，加強自主創(chuàng)新的物質(zhì)技術(shù)基礎(chǔ)和人才隊伍建設(shè)，促進創(chuàng)新資源合理配置，增強創(chuàng)新主體動力和全社會創(chuàng)新活力，更加注重協(xié)同創(chuàng)新，全面提升原始創(chuàng)新、集成創(chuàng)新和引進消化吸收再創(chuàng)新的能力和水平，加快創(chuàng)新型國家建設(shè)，為經(jīng)濟社會發(fā)展提供有力保障。 
　　為加強指導(dǎo)思想的統(tǒng)領(lǐng)作用，更好地凝煉重點，《規(guī)劃》從三個方面對自主創(chuàng)新能力建設(shè)的重點、任務(wù)和方向做出總體部署。一是把支撐科技跨越發(fā)展放在突出位置，要求重點推進科學(xué)研究實驗設(shè)施建設(shè)，加強科技資源整合共享和高效利用，健全國家標(biāo)準(zhǔn)、計量和檢測技術(shù)體系；二是把支撐經(jīng)濟社會創(chuàng)新發(fā)展作為主攻方向，要求注重加快推進重點產(chǎn)業(yè)關(guān)鍵核心技術(shù)研發(fā)和工程化能力建設(shè)，提升重點社會領(lǐng)域創(chuàng)新能力和公共服務(wù)水平，構(gòu)建各具特色、協(xié)調(diào)發(fā)展的區(qū)域創(chuàng)新體系；三是把創(chuàng)新主體、創(chuàng)新人才和制度環(huán)境等作為自主創(chuàng)新能力的基礎(chǔ)，要求最大限度地提高創(chuàng)新的效率和經(jīng)濟社會效益。總體部署主要起承上啟下的作用，以使指導(dǎo)思想、建設(shè)目標(biāo)和重點任務(wù)、政策措施能有機銜接起來。 
　　規(guī)劃采用定性和定量相結(jié)合的方式，兼顧預(yù)期性和可考核性，分別從創(chuàng)新基礎(chǔ)條件建設(shè)、重點領(lǐng)域創(chuàng)新能力、創(chuàng)新主體實力、區(qū)域創(chuàng)新能力布局、創(chuàng)新環(huán)境等五個方面，提出了到“十二五”末要達到的具體目標(biāo)。 
　　一是創(chuàng)新基礎(chǔ)條件建設(shè)布局更加合理。投入運行和在建的重大科技基礎(chǔ)設(shè)施總量接近50個，形成一批世界一流的科學(xué)中心。重點建設(shè)和完善100家國家工程中心，新建若干家國家工程（重點）實驗室，認(rèn)定一批國家級企業(yè)技術(shù)中心，產(chǎn)業(yè)技術(shù)創(chuàng)新、重大技術(shù)裝備研制和重點工程設(shè)計的支撐條件更加完善。 
　　二是重點領(lǐng)域創(chuàng)新能力明顯提升。農(nóng)業(yè)、制造業(yè)、戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)、能源和綜合交通運輸?shù)犬a(chǎn)業(yè)創(chuàng)新能力大幅提升，教育、醫(yī)療衛(wèi)生、文化和公共安全等社會領(lǐng)域創(chuàng)新能力建設(shè)取得重要進展。 
　　三是創(chuàng)新主體實力明顯增強。企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新主體地位進一步強化，大中型工業(yè)企業(yè)研發(fā)投入占主營業(yè)務(wù)收入比例達到1.5%，一批創(chuàng)新型企業(yè)進入世界500強。建成若干一流科研機構(gòu)，創(chuàng)新能力和研究成果進入世界同類科研機構(gòu)前列；建設(shè)一批高水平研究型大學(xué)，一批優(yōu)勢學(xué)科達到世界一流水平，關(guān)鍵核心技術(shù)的有效供給能力明顯提升。 
　　四是區(qū)域創(chuàng)新能力布局不斷優(yōu)化。初步形成東中西部分工協(xié)作、功能互補、多層次合作的區(qū)域創(chuàng)新體系。區(qū)域性創(chuàng)新服務(wù)平臺建設(shè)得到加強。 
　　五是創(chuàng)新環(huán)境更加完善。創(chuàng)新人才隊伍結(jié)構(gòu)更加合理，涌現(xiàn)一批高端創(chuàng)新人才、工程技術(shù)人才和創(chuàng)新服務(wù)人才，每萬名就業(yè)人員的研發(fā)人力投入達到43人年。知識產(chǎn)權(quán)保護得到切實加強。每萬人發(fā)明專利擁有量提高到3.3件，專利質(zhì)量和專利技術(shù)實施率明顯提高。